黃連（Coptidis Rhizoma），為毛茛科（Ranunculaceae）黃連屬（Coptis）若干種植物之根莖。
一、黃連（Coptis Chinensis Franchet）：野生或栽培於川、貴、鄂、陝等省。藥材名味連、川連，雞爪連、光連。
二、三角葉黃連（C. Deltoides C. Y. Cheng et Hsiao）：栽培於川省，野生種已不多見。藥材名雅連、峨嵋連、嘉定連、刺蓋連。
三、峨嵋野連（C. Omeiensis C. Y. Cheng）：野生於川省之陰濕叢林中。藥材名野黃連、鳳尾連。
四、雲南黃連（C. Teetoides C. Y. Cheng）：野生於雲南、西康昌都一帶，今雲南亦有栽培者。藥材名雲連。
五、短萼黃連（C. Chinensis Franchet var. Brevisepala W. T. Wang et Hsiao）：分布桂、粵，閩、皖、浙、贛、湘、黔等省，少有栽培。藥材名土黃連、土川連。
六、五裂黃連（C. Quinquesecat W. T. Wang）：滇省東南部。藥材名亦充雲連用。
七、臺灣黃連（C. Quinquefolia Miquel f. Ramosa Makino）：臺灣省宜蘭太平山一帶山區野生。全草供藥用，以產量少，自銷，無輸出品。
八、尼泊爾黃連、印度黃連（C. Teeta Wallich）：約分布於喜馬拉雅山麓及印度北部，尚待精查，香港市場稱尼泊爾黃連。
九、日本黃連（C. Japonica Markino）：有下列三變種：菊葉黃連（var. Japonica [Huth] Satake）即本種，產於北海道及本州西海岸一帶。藥材名日蓮。芹葉黃連（var. Disecta [Yatabe] Nakai）：分布與本種同。狹葉黃連（var. Major [Miquel] Satake）：產本州、四國向太平洋方面山地，根莖特小，概缺市場性。
十、三葉黃連（C. Trifolia [L.] Salisbury [C. groenlandica（Oeder）Fernald]）：出北美州，全草用為苦味健胃藥，此種日本高山亦有野生，未見利用，此種生藥未見有輸入品。
十一、五加葉黃連、梅花黃連（C. Quinquefolia Miquel）：野生於日本，以根莖特小未見利用。此種亦見於臺灣植物目錄，尚待精查。
此外，類似生藥有下列各種：
一、鮮黃連：為小檗科（Berberidaceae）植物鮮黃連（Jeffersonia Dubia Benthamet Hooker），野生於我國東北及韓國，亦含黃連素（Berberine），供黃連之代用品。藥材名鮮黃連（Jeffersoniae Rhizoma），即朝鮮黃連之意。
二、北美黃連根：為北美黃連（Hydrastis Canadensis Linnaevs），分布於加拿大及美國東部，根莖名北美黃連根（Hydrastis Canadensis Rhizoma），除採用少量野生種外，主用美國卡羅萊納州之栽培品。主成分Hydrastine，亦含Berberine及Canadine等，用於殺菌性苦味健胃、子宮黏膜炎症，及子宮收縮劑。
三、胡黃連：為玄參科（Scrophulariaceasa）植物胡黃連（Picrorhize Kurrooa Royle et Bentham）及西藏胡黃連(P.Scrophulariaeflora Pennell）之根莖，前者產於自克什米爾以迄錫金間之喜馬拉雅山區；後者產於西藏南部及雲南西北。藥材名胡黃連（Picrorhizae Rhizoma），不含Berberine，用於健胃、輕瀉、驅蟲。
黃連為本經草部上品，別錄、陶注、新修、開寶、嘉祐（引蜀本，按即唐本）圖經、藥性論、四聲、拾遺、日華子；圖經、衍義、綱目（引吳普及珍珠囊、湯液等金元諸說）及圖考等均有著錄，關於其藥能，歷代本草著錄如次：
一、本經：「黃連味苦寒。主熱氣目痛，眥傷泣出、明目。腸澼腹痛下痢。婦人陰中腫痛。」二、別錄：「微寒無毒。五臟冷熱、久下洩澼膿血、止消渴、大驚、除水利骨、調胃厚腸、益膽、療口瘡。」三、藥性論:「殺小兒疳蟲、鎮肝去熱毒。」四、拾遺：「主羸瘦氣急。」五、日華子：「治五勞七傷、益氣、止心腹痛。驚悸煩燥、潤心肺。長肉、止血。并瘡疥、盜汗、天行熱疾。豬肚蒸、為丸，治小兒疳氣。」六、珍珠囊：「治鬱熱在中、煩燥惡心，兀兀欲吐、心下痞滿。」七、湯液：「主心病逆而盛，心積伏梁。」八、綱目：「去心竅惡血、解服藥過劑煩悶，及巴豆、輕粉毒。」
黃連之藥名，綱目之「釋名」曰：「其根連珠而色黃，故名。」其別名，本經曰：一名王連；藥性論曰：一名支連。至於現在其他名稱，均屬藥業界之商品名。
黃連之化學成分，川黃連計含有（小檗鹼Berberine，俗稱黃連素）百分之七至九、黃連鹼（Coptisine）、甲基黃連鹼（Worenine）、掌葉防己鹼（Palmatine）、非洲防己鹼（Columbamine）等生物鹼，及黃檗酮（Obakunone）、黃檗內酯（Obakulactone）等。
峨嵋野連含有Berberine, Worenine, Jatrorrhizine（即Jateorhizine，藥根鹼），Columbamine及兩種非酚性生物鹼、兩種酚性生物鹼。
日本黃連含有Berberine約百分之七，Palmitine, Coptisine, Worenine, Jateor-hizine, Magnoflorine（木蘭花鹼）等。
關於藥理作用，黃連煎劑或小檗鹼對於若干病原菌、真菌、原蟲顯示抗菌作用。靜脈注射或口服小檗鹼，可使血管擴大而具降血壓作用。並有利膽作用，慢性膽囊炎，口服小檗鹼有良好效果。（那琦）